Acesta s-a născut la 1 august 1836 in satul Berezovsk din eparhia Smolensk, Rusia, având tatăl diacon. Pe când avea 5 ani, mama sa plecă la cele veşnice. Tânărul Ivan, căci acesta era numele său în lume, arătă încă din fragedă pruncie multă evlavie şi râvnă pentru lucrurile cele duhovniceşti. Astfel, urmă Seminarul Teologic din Smolensk, iar mai apoi în anul 1857 intră la Academia Teologică din Sankt Peterersburg. La 24 iunie 1860, în biserica academiei, episcopul Nectarie îl tunse în monahism cu numele Nicolae, iar în următoarele zile îl făcu diacon, iar mai apoi preot.

Tânărul ieromonah Nicolae s-a oferit să fie preot al bisericii ambasadei ruse din oraşul Hakodate, Japonia.

La început, părea cu neputinţă propovăduirea Evangheliei pe pământ japonez, căci după cuvintele sfântului Nicolae, „japonezii din vremea aceea priveau străinii ca pe nişte fiare, iar creştinismul ca pe o sectă pentru ticăloşi şi vrăjitori”. Tânărul părinte vreme de 8 ani studie ţara, limba şi obiceiurile poporului japonez.

În 1868, turma tânărului părinte Nicolae număra 20 de japonezi. În anul 1870, ieromonahul Nicolae a fost numit arhimandrit şi pus în fruntea misiunii de propovăduire a dreptei credinţe în Japonia.

În acelaşi an, sfântul Nicolae începu ridicarea unei clădiri de piatră în Tokio în care se aflau biserica şi o şcoală petru 50 de copii, care în anul 1878 deveni seminar.

În anul 1874, episcopul Pavel al Kamchatkai ajunse în Tokio pentru a face preoţi pe mai mulţi candidaţi japonezi recomandaţi de sfântul Nicolae. Pe atunci misiunea din Tokio cuprindea 4 şcoli: una pentru catehumeni, una pentru fete, una pentru enoriaşi şi un seminar. La Hakodate funcţionau două şcoli, una de băieţi şi una de fete.

În a doua jumătate a anului 1877, văzu lumina tiparului revista misiunii „Mesagerul Bisericii”. După numai 8 ani de activitate a misiunii, roadele erau deja bogate: 4115 japonezi creştini adunaţi în mai multe comunităţi, slujbe şi lecţii în limba japoneză, revistă de misiune şi cărţi duhovniceşti. În decembrie 1878, sfântul Nicolae ceru numirea unui episcop al Japoniei.

Astfel, la 30 martie 1880, sfântul Nicolae a fost numit episcop în Biserica Sfintei Treimi a Lavrei Sfântului Alexandru Nevski. Întors în Japonia, se dărui cu mai multă râvnă lucrării sale de propovăduire a Ortodoxiei. Termină ridicarea Catedralei Învierii Domnului din Tokio, traduse căţile de slujbe şi întocmi un dicţionar teologic ortodox în limba japoneză.

Multe încercări se abătură asupra sfântului episcop şi a turmei sale în timpul războiului ruso-japonez (1904-1905). Pentru biruirea greutăţilor acestor ani, fu mai apoi ridicat la rangul de arhiepiscop.

În 1911, la jumătate de veac de când ieromonahul Nicolae puse piciorul pe pământul japonez, era 33017 creştin-ortodocşi în 266 de comunităţi ale Bisericii Ortodoxe Japoneze al cărei cler era format dintr-un arhiepiscop, un episcop, 35 de preoţi, 6 diaconi, 14 dascăli de muzică psaltică şi 116 dascăli.

La 3 februarie 1912, în vârstă de 66 de ani, încărcat de anii faptelor sale bune, sfântul arhiepiscop Nicolae plecă în pace la cele veşnice, fiind trecut în rândul sfinţilor la 10 aprilie 1970.