Acesta s-a născut în Kazan în anul 1530. După cum el însuși mărturisește, a slujit ca preot în biserica Sfântului Nicolae din Kazan. Mai apoi a îmbrăcat haina monahală, iar din 1582 a devenit arhimandrit al mănăstirii Schimbării la Față din Kazan. La 13 mai 1589 a fost uns episcop și cel dintâi mitropolit al Kazanului.

În vremea slujirii sale ca preot în biserica Sfântului Nicolae, a fost arătarea și aflarea icoanei Maicii Domnului din Kazan, în 1579.

Cu binecuvântarea arhiepiscopului de atunci, Ieremia al Kazanului, sfântul Ermoghen a purtat pe brațe icoana de la locul aflării sale până la biserica Sfântului Nicolae unde slujea acesta. Sfântul Ermoghen a scris în anul 1594 despre minunata aflare a icoanei și minunile săvârșite prin harul ei.

În anul 1591, sfântul a adunat tătarii botezați de curând în biserică și vreme de mai multe zile i-a învățat dreapta credință.

Un an mai târziu, în 1592, cinstitele moaște ale sfântului Gherman, arhiepiscopul Kazanului care trecuse la cele veșnice în Moscova la 6 noiembrie 1567, în vremea molimei, au fost mutate în biserica Sfântului Nicolae unde slujea sfântul Ermoghen.

Mai târziu, cu binecuvântarea patriarhului Iov, sfântul Ermoghen mută moaștele sfântului Gherman în mănăstirea Adormirii Maicii Domnului din Sviaj.

La 9 ianuarie 1592, sfântul Ermoghen trimite o scrisoare patriarhului Iov prin care îl roagă se stabilească o zi anume pentru pomenirea ostașilor ortodocși care și-au dat viața pentru apărarea dreptei credinței și a patriei în Kazan. De asemenea a scris despre 3 mucenici care pătimiseră în Kazan pentru credința în Hristos. Cel dintâi era Ioan care se trăgea din Nijni Novgorod (pomenit la 24 ianuarie) și fusese prins de tătari. Ceilalți doi erau Ștefan și Petru, tătari dreptcredincioși (pomeniți la 24 martie). Sfântul Ermoghen era mâhnit că numele acestor sfinți nu erau pomeniți în Duminica Ortodoxiei și nu li se cânta "veșnica pomenire".

Patriarhul hotărăște la 25 februarie ca în Mitropolia Kazan să se săvârșească o panihidă pentru toți ostașii căzuți pe câmpurile de luptă din Kazan și din preajma acestuia în prima sâmbătă după sărbătoarea Acoperământului Maicii Domnului (1 octombrie) și binecuvântează pomenirea martirilor, lăsând pe sfântul Ermoghen să stabilească ziua când se va săvârși aceasta. Sfântul Ermoghen trimise hotărârea patriarhului Iov în toată eparhia Kazanului, cerând a se săvârși în ziua de 24 ianuarie Liturghii, Panihide și Litii în toate bisericile și mănăstirile.

În anul 1595, prin râvna și evlavia sfântului ierarh Emorghen, au fost descoperite cinstitele moaște ale sfântului Gurie, arhiepiscopul Kazanului și ale sfântului Varsanufie, episcopul Tverului.

Cneazul Teodor Ioanovici (1584-1598) a poruncit ridicarea unei biserici din piatră în mănăstirea Schimbării la Față în care să fie așezate cu cinste și evlavie moaștele celor doi sfinți ierarh făcători de minuni. Sfântul Ermoghen însuși a scris vieție sfinților ierarhi Gurie și Varsanufie.

Fiind găsit vrednic, mitropolitul Ermoghen a fost ales patriarh al Moscovei la 3 iulie 1606 în Catedrala Adormirii Maicii Domnului. După vechea tradiție, sfântul Ermoghen a venit la catedrală pe un măgar.

Slujirea sa ca patriarh a fost într-o perioadă de grele încercări pentru poporul rus. Sfântul păstor s-a ostenit mult în lupta cu Uniația și încercarea catolicilor apuseni de a dezrădăcina ortodoxia și a robi poporul rus.

Moscova a fost ocupată de trupele regelui polonez Sigismund al III-lea împreună cu boierii trădători ruși.

După un timp oamenii din oraș s-a răsculat, iar polonezii au dat foc orașului si s-au retras în Kremlin, l-au forțat pe sfântul patriarh să părăsească tronul patriarhal și l-au închis în mănăstirea Ciudov.

În Lunea Săptămânii luminate din anul 1611, trupe ale miliției ruse s-au apropiat de Moscova și au început asediul Kremlinului care ținu câteva luni. Asediați în Kremlin, polonezii au trimis nu o data mesageri sfântului Ermoghen cu cererea de a porunci miliției să părăsească orașul, amenințându-l cu moartea dacă nu va face astfel.

Sfântul păstor a răspuns cu tărie: "Nu mă amenințați, căci eu mă tem numai de Dumnezeu. Dacă voi toți ve-ți părăsi Moscova, voi binecuvânta ca miliția rusească să se retragă, iar dacă ve-ți rămâne, îi binecuvântez pe toți să stea împotriva voastră și să își dea viața pentru credința ortodoxă".

În vremea șederii sale în închisoare, sfântul Ermoghen a trimis o ultimă scrisoare poporului rus în care binecuvânta războiul de eliberare împotriva invadatorilor.

Comandanții ruși nu au reușit să elibereze la timp Kremlinul și pe Întâistătătorul lor. Mai bine de 9 luni, sfântul păstor a pătimit în temniță, iar la 17 februarie 1612 s-a săvârșit cu moarte mucenicească din pricina foamei.

În cele din urmă, Rusia a fost eliberată, după cum binecuvântase sfântul Ermoghen. Trupul Sfântului mucenic a fost înmormântat în mănăstirea Ciudov, iar în anul 1654 a fost mutat în Catedrala Adormirii Maicii Domnului din Moscova unde a săvârșit mulțime mare de minuni.

Biserica l-a proslăvit cu sfinții la 12 mai 1913. Pomenirea sa se săvârșește la 17 februarie (mutarea sa la Domnul), 12 mai (proslăvirea sa cu sfinții) și 5 octombrie (Soborul Sfinților Ierarhi ai Moscovei).