Conform tradiţiei, ctitorii Sfintei Mănăstiri Vatopedi sunt consideraţi boierii de viţă nobilă Atanasie, Nicolae şi Antonie. Aceştia au venit în Sfântul Munte la mijlocul secolului al X-lea, în vremea construirii Sfintei Mănăstiri Marea Lavră, în preajma ctitorului, Cuviosul Atanasie Atonitul, care a formulat şi tipicul noului aşezământ. Ascultând de îndemnul marelui Cuvios, au reconstruit şi reînfiinţat Sfânta Mănăstire Vatopedi, care fusese pustiită de piraţi. Cei trei cuvioşi sunt înfăţişaţi în icoane ca fraţi după trup, bogaţi, monahi şi ctitori.

Aceşti trei cuvioşi veniseră în Sfântul Atos cu scopul de a construi o mănăstire. Faima Cuviosului Atanasie îi atrăsese şi pe ei aşa cum atrăsese și pe alţii, veniţi din multe părţi. I-au propus, bineînţeles, să rămână alături de el, oferindu-i şi cele 9000 de nomisme (monede) de aur pe care le aduseseră cu ei în acest scop. Cuviosul Atanasie le-a spus, însă: "S-a dat împăratului Nichifor să fie ctitor al acestei mănăstiri (Marea Lavră). Dar dacă doriţi să zidiţi mănăstire, iată, Mănăstirea Vatopedi este pustie. Reînnoiţi-o pe aceasta şi veţi avea plată de la Domnul".

Medicul şi filosoful Ioan Comnenul, care a devenit ulterior Mitropolit de Dârstor (Silistra) cu numele Ieroteos, în binecunoscutul său Proschinitar al Sfântului Munte Atos pe care l-a scris în 1698, notează, descriindu-i pe cei trei sfinţi: "Venind trei boieri de viţă nobilă, Atanasie, Nicolae şi Antonie, în Sfântul Munte, de loc din Adrianopolis, doreau să devină monahi şi să ridice din temelii mănăstire pe cheltuiala lor, şi au pus fiecare dintre cei trei tineri câte trei mii de florini. Şi au venit la Sfântul Atanasie, care era atunci în Atos, mărturisind scopul cu care veniseră. Sfântul le-a spus că asprii pe care-i aveau nu erau de ajuns pentru construirea unei noi mănăstiri. Urmaţi-mă, le-a mai spus el, şi făcând ascultare cei trei, i-a dus Sfântul în mănăstirea Vatopedi şi le-a arătat cât de bine este aşezată şi ce stricăciuni făcuseră acolo saracinii. Şi le-a dat lor sfat: dacă vor să aibă plată înmulţită de la Dumnezeu, să rezidească acea mănăstire. Sfatul sfântului le-a plăcut acestora şi, cu mult zel, au pus în practică această lucrare sfântă şi au rezidit mănăstirea, făcând-o așa cum fusese la început. Și făcându-se apoi monahi acolo şi având o purtare bineplăcută lui Dumnezeu, au adormit în Domnul. Sfintele lor moaşte sunt îngropate în interiorul nartexului bisericii. Se prăznuiesc de două ori pe an, pe 17 decembrie şi în Duminica a 5 de la Rusalii".

Cuviosul Atanasie Atonitul este cel care a insuflat zidirea mănăstirilor atonite Vatopedi, Iviron, Dochiariu şi Filoteu. Autorul de scholii Stefanos Filoteitul menţionează: "S-a ridicat Mănăstirea Vatopediului de însuşi cuviosul Atanasie, fiind aşezată după tipicul şi rânduiala acestuia".

În 985, cuviosul Nicolae semnează ca egumen al Mănăstirii Vatopedi: "Nicolae, monah şi egumen al Mănăstirii Vatopedi". Tot el semnează documente în anii 998, 1001 şi 1002. Urmaşul cuviosului Atanasie, despre care se aminteşte că era "deosebit de activ", semnează documente între anii 1020 şi 1048. Mai târziu apare în documente și Antonie. Faima lor a atras în mănăstire mulți monahi, iar mănăstirea a dobândit în scurtă vreme bogăţie şi faimă.

Despre mormântul cuvioşilor ctitori, monahul rus Vasile Barski scrie în 1744 că nu se deschide niciodată, dar că întotdeauna arde o candelă nestinsă. Ieromonahul Gherasimos Smyrnakis Esfigmenitul scria, acum o sută de ani, că "preotul de rând citeşte zilnic la sfârşitul slujbei şi al vecerniei un trisaghion iar canonarhul pomeneşte din codice numele celor adormiţi". Într-un codice din anul 1869, păstrat în mănăstire, copie a unui codice mai vechi, din 1715, sunt amintite numele celor trei ctitori: "Pentru fericiţii şi pururea pomeniţii părinţii noştri, ctitori ai sfintei mănăstirii acesteia: Atanasie, Antonie, Nicolae". În apsida aflată deasupra mormântului sunt înfăţişaţi împreună cu împăraţii ctitori şi cei trei cuvioşi îmbrăcaţi în haine monahale şi cu aură. Pictura murală pe care o vedem astăzi a fost restaurată în 1760. Mormântul se găseşte în partea dreaptă a pronaosului katolikonului mănăstirii. În anul 1992 a fost deschis iar în interior au fost găsite osemintele cuvioşilor şi o tăbliţă din plumb, pe care Sfântul Atanasie a lăsat scris să nu fie îngropat altcineva în mormântul său, după obiceiul vechi.

Cercetările, studiul, comparaţiile şi menţiunile referitoare la cei trei cuvioşi converg către concluzia că primul egumen al Mănăstirii Vatopedi a fost monahul Nicolae, ctitorul, cel care a fost şi primul îngropat în mormântul aflat în katolikonul mănăstirii după 1012. În acest an semnează pentru ultima oară documentele oficiale ale mănăstirii. În 1048 semnează pentru ultima oară Atanasie, care este îngropat în partea superioară a aceluiaşi mormânt, ultimul fiind Antonie. Transformarea mormântului în raclă şi pictarea Maicii Domnului Vlahernitissa, în 1312, în apsida care se află chiar deasupra mormântului, dovedesc faptul că cei trei ctitori au fost cinstiţi destul de repede ca sfinţi cuvioşi.